Les 32 équipes qualifiées sont réparties dans huit groupes de quatre équipes (groupes A, B, C, D, E, F, G et H).
Deux équipes d’une même zone continentale ne peuvent être réunies dans un même groupe. Exception : deux équipes maximum de la zone européenne dans un même groupe.
Les huit équipes têtes de série seront chacune dans un groupe. L’Allemagne, pays organisateur, sera dans le groupe A. Le Brésil, tenant du titre, dans le groupe F.
Lorsqu’une équipe est tirée au sort, un autre tirage est effectué pour lui attribuer sa place dans un groupe.
La Serbie-Monténégro sera affectée dans l'un des groupes tirés au sort vendredi et dans lequel ne figurera jusque-là qu'une seule équipe européenne.
Pour définir les tetes de serie la FIFA a pris en compte les résultats des deux dernières Coupes du Monde (1998 et 2002) en attribuant un coefficient de 2 pour le Mondial 2002 et 1 pour le Mondial 1998, ainsi que
les classements FIFA des trois dernières années.